作为一种营养美味的养生粥，小米南瓜粥的功效很多，最主要的一点就是对肠胃很有益处。中医认为，南瓜性温，味甘无毒，入脾、胃二经，能润肺益气，化痰排浓，驱虫解毒，治咳止喘，疗肺痈与便秘。此外，南瓜还有利尿、美容等作用。现代医学研究则表示，南瓜中富含果胶和维生素，果胶有很好的吸附性，能粘结和消除体内细菌毒素和其他有害物质，如重金属中的铅、汞和放射性元素，因此使用南瓜有解毒的作用。南瓜中的果胶还能保护胃肠道粘膜，免受粗糙食品刺激，促进溃疡面愈合，促进胆汁分泌，加强胃肠蠕动，从而帮助食物消化。总的来说，南瓜有很好的清热解毒的功效。

小米同样也有很好的食疗功效，它不仅仅能补脾胃、补肾，还有很好的安心养神、滋阴养颜的作用。中医认为小米能“和胃温中”，因此小米对拉肚子、呕吐、消化不良及糖尿者很有益处。食用能有效补中益气的小米对脾胃寒虚、中气不足和失眠诸病症有治疗作用。因此，小米南瓜粥还可以作为镇静安神的食疗保健品来食用。