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PCR扩增失利这个原因您想到过吗

2020-04-20 19:44:01  阅读:40 来源:腾讯生活 作者:责任编辑NO。郑子龙0371

引 言

炎症性肠病(Inflammatory Bowel Disease, 简称IBD)是一组特定的肠道缓慢疾病的总称,最重要的包括克罗恩病和溃疡性结肠炎两种。IBD的特征是缓慢和复发性胃肠道炎症,其可增加患结肠炎相关癌症的危险。

化学致炎剂DSS 是一种人工合成的硫酸盐多糖,小鼠经饲喂含有DSS 的饮水能够构成炎症性肠病模型( 简称DSS 模型)。其病理改动挨近人类溃疡性结肠炎(UC),往往出现以血便、肠道黏膜溃疡和粒细胞滋润为特征的结肠炎症。

DSS模型构建相对简略且经济,大范围的运用在挑选医治炎症性肠病(IBD)的新方法和临床前新药物的开发,也用于研讨IBD的发病机制,在生物学研讨中被广泛运用。

DSS知多少?

DSS(Dextran sulfate sodium),中文名:硫酸葡聚糖钠

产品名称:硫酸葡聚糖钠

别号:葡聚糖硫酸酯钠,DSS,右旋糖酐硫酸酯钠,葡聚糖硫酸钠盐

英文名称:Dextran sulfate sodium

CAS No.:9011-18-1

结构

但DSS按捺PCR反响的现象已被广泛重视,有多篇文献报导过。假如不对样本做额定的处理,或许会引起PCR失利或数据失真,导致得出过错的定论。

DSS形成的影响?

1、DSS处理并不会导致安排样本DNA和RNA完整性改动。

2、DSS处理对PCR扩增形成了严峻的按捺。DSS处理组的样本PCR扩增没有特异条带。

别的,肠道微生态的改动也是许多教师使用DSS模型研讨的内容之一。DSS处理的样本对16srDNA的扩增也有很大的影响。

下降DSS影响的方法

DSS模型样本需求经过怎样的处理才干下降PCR的按捺呢?

1、RNA层面 用LiCl对抽提好的RNA进行纯化

经过LiCl处理的RNA样天性特异性的扩增出意图产品。

2、DNA层面

研讨标明,带有高价阳性电荷的精胺能有用中和阴性电荷的DSS分子,经过增加必定量的精胺能有用按捺DSS对PCR扩增的影响。

DSS浓度和精胺浓度都会对后期的PCR反响形成不同程度的影响,需求对样本处理条件做必定的优化。

欧易生物经过多轮测验,针对DSS处理的粪便样品研宣布共同的纯化计划,PCR成功率得到极大提高。

图1 | DSS处理样品未纯化

图2 | DSS处理样品纯化后

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参考文献:

1. Thouvenot, Pierre at el. Have you tried spermine? A rapid and cost-effective method to eliminate dextran sodium sulfate inhibition of PCR and RT-PCR. JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS, Volume 144, Number 1, 2018, pp. 29-32(4)

2.Emilie Viennois at el. Dextran sodium sulfate inhibits the activities of both polymerase and reverse transcriptase: lithium chloride purification, a rapid and efficient technique to purify RNA.BMC Research Notes 2013, 6:360